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20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为\"炼金之星\"的组织，其成员之一的高山我梦作为\"XIG\"的一员，靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同CRISIS计算机所预测到的\"根源性灭亡招来体\"进行的誓死决战中；另一方面，已脱离\"炼金之星\"的\"藤宫博也\"坚定地认为：对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着\"蓝光\"的威力，变身成与\"盖亚\"相对立的\"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼\"。
